addclass必须放在jquery后面才执行，看来锚点链接的动画效果也是可以实现的了，明天再研究这个问题，jQuery到底放在什么位置，以及相关的addclass到底怎么增加上去，但是现在，我必须要去睡觉了。
bootstrap总是使用jQuery 增加class也不是办法，再看看有没有什么其他解决办法

网上找了下，大家的看法：

根据js的作用要放在不同的放置
（1）放在头部的
比如一些函数库，例如常见的JQ库

<script type="javascript" src="http://apps.bdimg.com/libs/jquery/1.9.1/jquery.min.js"></script>

（2）放在底部的
例如某些需要文档加载完成才开始执行的，document.getElementById();等

<html>
    <head>
        <script src="js/jquery.js"></script>
    </head>
    <body>
        <div></div>
        <script>
            function test(){

            }
        </script>
    </body>
</html>
Good Question，我一般都放底部，原因同你所说。
但在某种情况下我也觉得放在头部比较好，比如一个给页面中的某个元素添加了事件的js脚本。页面出来了但是js没加载完的那段时间，用户对此元素做事件操作的时候就出不来应该有的效果。
我现在是比较倾向于放在头部，做一些优化的工作尽量让js加载快一点。

所以，jQuery放head，然后自己写的放body后面，就这么定了